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Next Generation Sequencing & Library Preparation

Inhalte & Lernziele

Das Next Generation Sequencing (NGS) ist eine moderne Hochdurchsatz-Sequenziermethode, die so schnell und effizient ist, dass sie die Sequenzierung ganzer Genome, aller Amplikone eines PCR-Ansatzes, aller Exon-Bereiche eines Menschen, große Exon-reiche Gene eines individuellen Patienten, eines Multiplex-Panels oder die vollständige RNA einer Zelle ermöglicht. Im NGS sind unzählige Ansätze möglich, die bisher aufgrund des hohen damals notwendigen Sequenzierbedarfs zu teuer und damit nicht durchführbar waren.
Dieser Kurs gibt Ihnen einen detaillierten Überblick über die Methode und ihre Durchführung, die derzeit am Markt verfügbaren NGS-Plattformen und -Anwendungsgebiete und geht darüber hinaus insbesondere auf die Bedeutung der NGS-Bibliotheken ein. Im Praxisteil dürfen Sie selbst eine NGS-Bibliothek herstellen, amplifizieren und mittels Real Time PCR quantifizieren.
Next generation sequencing library preparation

In der PCR-Analytik geht es um die Kosten- und Zeitoptimierung, d.h. mit welchem Verfahren bekomme ich am schnellsten und kostengünstigsten ein zuverlässiges Ergebnis. In Bezug auf die Template-Präparation geben wir Ihnen einen Überblick über die Vor- und Nachteile möglicher Präparations-Verfahren wie single cell-Präparationen und quick and dirty Methoden, Tipps für schwierige Proben, den reverse Transcription (cDNA-Synthese)-Ansatz bis zur Verwendung genomischer DNA-Amplifikations-Kits. Zur PCR-Optimierung werden verschiedene Temperatur-Zeit-Profile und Reagenzien behandelt.

Themen des Theorie-Seminars sind u.a.

  • Von der Sanger-Sequenzierung zum Next Generation Sequencing
  • Übersicht und Vergleich von NGS-Plattformen
  • Anwendungsgebiete und Libraries
  • Adapter-Typen, Indexing, Emulsions-PCR und Bridge-PCR, Genomische, Amplikon- und Paired End Libraries etc.
  • Methodische Grundlagen: Pyrosequencing, Sequencing by Synthesis, Sequencing by Ligation
  • Auswertesoftware
  • Trouble Shooting: Bias-Problematik

 

 

Themen der Praxis-Schulung

  • Flussdiagramm zur Library Preparation
  • Präparation gescherter DNA-Fragmente
  • Library Preparation und -Amplification
  • Methoden der Größenfraktionierung
  • Quantifizierung mittels Real Time PCR
 

 

Erweiterungsthemen bei In-house Schulungen

Diese Inhalte werden bei In-house Kursen je nach Bedarf und Kundenwunsch angepaßt, ergänzt und gekürzt. Weitere Themen könnten z.B. sein

  • DNA-Sequenzierung
  • PCR Basiskurs

 

Zielgruppe

Technische und wissenschaftliche Mitarbeiter/-innen, die bereits über PCR-Erfahrungen verfügen.
 
 
Dauer der Fortbildung

In-house: Dieser Kurs ist 2-tägig angelegt, wird jedoch je nach Kundenvorgabe oft auf 3 Tage ausgeweitet, um kundenspezifische Fragestellungen intensiver abzuarbeiten. Ihre besonderen Wünsche und Anforderungen besprechen wir vorab in einem zwanglosen und unverbindlichen Telefonat. Unsere Kontaktdaten finden Sie hier.

 

Ort des Trainings - NK

Diesen Kurs führen wir gerne in ihren Räumen durch.

  • In-house Kurse: wir kommen zu Ihnen - die Wahl für mehrere Personen aus einem Unternehmen

 

Trainingsarten: Theorie und Praxis

Um ein effektives Lernen zu fördern, versuchen wir immer Theorieteile und Praxisteile in einem Kurs miteinander zu kombinieren. So kann das neu Erlernte im Labor direkt in die Praxis umgesetzt werden. Feed-back und praktische Übungen helfen dabei, den Lernerfolg zu vertiefen und direkt in Abläufe zu integrieren. Wenn sie jedoch Ihren Mitarbeitern und Kollegen schnell einen Überblick über viele Themen geben wollen, können diese Themen auch in einem Theorie-Seminar interaktiv bearbeitet werden.

  • Theorie: Offene Kurse und In-house Schulungen
  • Praxis: In-house Schulungen
  • Workshops: Offene Kurse und In-house Schulungen

 

Vorteile von In-house Schulungen

  • Ab 4-5 Teilnehmern ist eine In-house Schulung günstiger
  • Ihre Mitarbeiter müssen nicht reisen
  • Das Trainingskonzept wird individuell für sie zusammengestellt und an Ihre Ziele und Mitarbeiter angepasst
  • In Praxisschulungen kann Ihr Assay im Kurs durchgeführt werden, dies hilft beim trouble shooting
  • Alle Mitarbeiter Ihrer Abteilung sind an der Entwicklung neuer Standards aktiv beteiligt. Dies erhöht die Compliance, gerade bei "alten Hasen"
  • Die Praxisteile finden in Ihren Laboren statt und alle Ergebnisse sind direkt übertragbar
  • Optimierungsvorschläge sind so auch bei Räumen und Abläufen möglich

 

Termine und Preise

Für In-house Schulungen kontaktieren sie uns gerne per mail oder telefonisch, dann erstellen wir Ihnen ein individuelles Angebot, das sich nach den Inhalten und der Dauer des In-house Kurses richtet. Bereits ab 4-5 Teilnehmern ist ein In-house-Kurs günstiger als die individuelle Schulung ihrer Mitarbeiter durch Teilnahme an offenen Fortbildungen. Den Termin der Schulung sprechen wir natürlich mit Ihnen ab. Generell kann ein Kurs innerhalb von 4-8 Wochen nach dem Erstkontakt bei Ihnen durchgeführt werden. Ihre besonderen Wünsche und Anforderungen besprechen wir vorab in einem zwanglosen und unverbindlichen Telefonat. Unsere Kontaktdaten finden Sie hier.

Die Kursgebühr bei In-house Schulungen beinhaltet die Schulungsunterlagen im Farbdruck, ein Teilnahme-Zertifikat sowie die Reise- und Hotelkosten der Dozentin oder des Dozenten.

 

Kursstruktur und Planung:

  • Kursbeginn (am ersten Tag) 09:00 Uhr
  • Kursende (bei eintägigen Kursen) ca. 17:00
  • Kursende (bei mehrtägigen Kursen bis zum vorletzten Tag) ca. 17:00 Uhr
  • Kursende (bei mehrtägigen Kursen am letzten Tag) ca. 16:00 Uhr

 

 

Dozent

Dr. Johannes Becker-Follmann studierte Biologie und Philosophie in Saarbrücken und Freiburg. Danach promovierte er am Institut für Humangenetik und Anthropologie der Universität Freiburg zur “Vergleichenden Genkartierungen bei Mensch und Maus“. Nach mehreren Forschungsaufenthalten in Osaka (Japan), Freiburg und Berlin gründete er im Jahr 2000 das Institut für Polymorphismus und Mutationsanalytik in Saarbrücken, das Auftragsanalysen mittels PCR, RT-PCR- und Sequenzierung (NGS) anbietet. Seit 2002 führt er Seminare und Workshops zu PCR-Themen durch. U.a. war er von 2006 bis 2020 federführender Dozent in Bereich Molekularbiologie, PCR, RT-PCR und NGS bei der PromoCell Academy in Heidelberg. Seit 2017 ist er Leiter des Forschungs- und Entwicklungslabors der Eluthia GmbH und entwickelt Tests für die post- und pränatale Diagnostik.  


 

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